A Ubuntu existeixen diverses maneres d’afegir, eliminar o actualitzar aplicacions del sistema. Cal tenir en compte que no totes estan disponibles per defecte per ser instal·lades i, de vegades, serà indispensable fer-ho manualment.

Les maneres principals d’instal·lar aplicacions són:

• Aplicacions> Afegeix/Elimina aplicacions: Una aplicació senzilla per buscar i afegir o eliminar paquets només marcant-los o desmarcant-los de la llista i aplicant els canvis.
• El programa Synaptic: Aquest és molt més avançat que la opció anterior i permet tenir un major control sobre els programes instal·lats. Actualment utilitza apt-get per funcionar així com per buscar programes a les llibreries. Es troba a Sistema> Administració> Gestor de paquets Synaptic i funciona d’una manera molt similar a l’afegeix/elimina.
• El programa Adept: Adept es la versió de Synaptic per KDE, inclosa a Kubuntu.
• Els programes apt-get o aptitude: Aquests programes s’utilitzen des del terminal o konsola. Són molt complets i permeten afegir, treure i actualitzar aplicacions del sistema entre altres coses. (Aptitude, a més, recorda les llibreries descarregades i les desinstal·la si estan en desús).
  Per veure l’ajuda de qualsevol programa al terminal: (man nom_del_programa) Ex: man aptitude
Ús del programa:
Per instal·lar: sudo apt-get install <paquets desitjats>
Per desinstal·lar: sudo apt-get remove <paquets no desitjats>
es pot afegir --purge després de remove per eliminar també altres paquets vinculats amb l'eliminat
Per actualitzar la llista disponible: sudo apt-get update
Per instal·lar les actualitzacions trobades: sudo apt-get upgrade
(usant aptitude les ordres són les mateixes substituint el nom del programa)
• Paquets Deb: Els fitxers amb extensió .deb descarregables a moltes webs són paquets d’aplicacions preparats per instal·lar-se de manera fàcil als S.O. derivats de Debian (com Ubuntu o Kubuntu). Només cal executar-lo fent-hi doble click des del navegador.
• Arxius binaris: Els fitxers amb extensió .bin són programes executables a Linux. En aquest cas, cal donar permís d’execució al fitxer modificant les seves propietats abans d’executar-lo.
• Arxius Run: Els fitxers amb extensió .run solen ser assistents per la instal·lació a Linux. Per fer-los servir, obrirem un terminal i li donarem l’ordre: sudo sh ./<arxiu>.run

En tots els exemples en terminal, s’inclou el parametre sudo dins l’ordre ja que sol ser necessari identificar-se com a superusuari si no s’està identificat com a root en aquell moment.

Amb qualsevol mena d’instal·lació, us demanarà la contrassenya per executar els canvis.

Windows té el seu propi escriptori remot que es diu “terminal server“. Desde Linux és possible accedir a un terminal servidor Windows (NT/2000/2003/XP Pro) fàcilment.

Per fer això, només cal instal·lar el paquet rdesktop i des de la consola teclejar el següent:

• $ rdesktop <servidor:port>

Si no s’especifica cap numero de port, agafa el que hi ha per defecte.

I si a més, volem capturar la sessió de consola d’un servir Windows Server (l’equivalent a fer des d’un Windows “mstsc/console”), afefint la opció -0 (zero) aconseguirem el nostre objectiu.

• $ rdesktop -0 <servidor:port>

Si no volem usar la consola i preferim una interficie més amigable, podem instal·lar un FrontEnd per a GTK+ que es diu grdesktop.